村民委员会诉称，综合厂前身为特种纤维厂，系村民委员会于1989年6月12日投资设立的村办集体企业。2005年12月28日，村民委员会与W签订了《承包经营协议》，约定村民委员会将综合厂发包给W承包经营，承包金额每年L4万元，承包期限自2006年1月1日至2008年12月31日。协议签订以后，村民委员会即将综合厂的营业执照、公章、厂房、机械设备等全部财产交付给W占有并独立经营，村民委员会不参与经营。为此，村民委员会认为这是租赁经营行为。合同期限结束以后，W仍然占有并独立经营综合厂，迄今为止未归还其租赁经营期间占有的财产，也未向村民委员会支付资产占用费。村民委员会认为，村民委员会与W之间的租赁经营合同关系已经于2008年12月31日结束，W应当依约返还其占用的综合厂的证件、资料及厂房、生产资料等，由于W的侵占行为给村民委员会造成了损失，为此，W应当参照租赁经营费的标准向村民委员会支付资产占用费。

因此，村民委员会诉请：判令村民委员会与W之间关于综合厂的租赁经营合同关系已经于2008年12月31日终止。判令W立即向村民委员会交付因租赁经营而占有的综合厂的证件、资料及厂房、生产资料（详见清单）等财产。判令W支付资产占用费173，333元（从2009年1月1日起，暂算至2013年4月30日），之后以每年40，000元为基础计算资产占用费，直至本判决生效日止。在第二次村民委员会当庭撤回了第二项诉讼请求。对于追加的孙S，村民委员会认为，如果法院审理认为孙S应该承担相应的法律责任的，村民委员会亦要求孙S承担相应责任，由法院认定。村民委员会增加诉讼请求，要求W支付占用综合厂期间使用的电费及迟延交付的违约金共计11，278.64元。

W辩称，W没有与村民委员会签订租赁合同，W只是在综合厂打工。村民委员会所说的设备是原来综合厂承包人孙S的，2002年至2008年的租赁合同都是孙S签订的，W是受孙S的委托管理企业，至2012年底，孙S已经不经营了，故W主体不适格。如果法院认定由W承担责任的话，房屋租赁费的诉讼时效是一年，村民委员会的起诉已经超过诉讼时效了。对于第一项诉讼请求，与W无关，如果要终止的话，同意终止。对于电费，W没有使用，综合厂的电表下面挂了好几家厂家的电，且2013年2月至4月已经关门不生产了，不存在电费。律师

孙S辩称，房子及里面的设备是孙S的，不存在支付使用费。即使要支付的话，已经超过诉讼时效了，因为租金的诉讼时效是一年，2012年9月份就关门不做了。对于第一项诉讼请求，如果要终止的话，同意终止。对于电费的答辩与W一致。

本案争议焦点在于村民委员会与W于2005年12月28日签订的《承包经营协议》是否真实、合法有效？W在庭审中否认协议上的签字，并申请笔迹鉴定，经鉴定，署期“2005年12月28日”的《承包经营协议》乙方签字处“W”签名字迹是W本人所写。现W未能提供其他证据予以否认，且村民委员会提供的证据10等均能证明W使用综合厂的事实。虽然孙S与村民委员会的租房合同自2002年6月1日起至2008年5月31日止，W与村民委员会的《承包经营协议》自2006年1月1日起至2008年12月31日止，从时间上看似有重叠，但是在庭审中二W均确认孙S在合同履行期间自行离开了综合厂。由此可知，村民委员会与W签订《承包经营协议》符合常理，符合当时的实际情况。因此，村民委员会与W签订的《承包经营协议》真实、合法有效。

根据《承包经营协议》内容的约定，该协议名为承包经营，实为租赁经营，村民委员会将综合厂提供给W使用经营，W应支付相应的租金。协议约定承包期限于2008年12月31日终止，但双方在合同到期后，没有继续签订书面合同，W仍实际使用村民委员会的场所，根据法律规定应支付相应的使用费。二方辩称，租金适用一年诉讼时效，村民委员会的起诉已经超过诉讼时效。村民委员会认为，村民委员会起诉的是资产占用的费用，这与租金是有区别的。从2009年起，W占有使用村民委员会的资产，这是侵权，是持续的状态。村民委员会所主张的资产占用费实质上就是指租金，应适用一年的诉讼时效，故村民委员会只能主张起诉前一年内的租金。根据《承包经营协议》第三条的约定：“承包金额4万元”，W认为承包金额为“三年4万元”，村民委员会认为是“每年4万元”。结合订协议的本意及诚实信用的原则，应为每年4万元。

关于村民委员会要求确认村民委员会与W之间关于综合厂的租赁经营合同关系已经于2008年12月31日终止，W在庭审中表示同意，应予准许。关于村民委员会主张的电费，W虽辩称是其他人使用，但未能提供证据予以证明，故其抗辩不予采纳，村民委员会的该项请求应予准许。

另外，W在庭审中辩称，村民委员会的资产就是底层平房，设备、其他房屋都是孙S，不存在支付使用费的问题。W与村民委员会之间就新扩建厂房等房屋的权属问题与本案无关。

依照《合同法》第二百二十六条、《民法通则》第一百三十六条第三项、《民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：村民委员会与W之间关于综合厂的租赁经营合同关系于2008年12月31日终止。W十日内支付村民委员会资产占用费40，000元。W十日内支付村民委员会电费、过期电费违约金合计11，278.64元。驳回村民委员会的其他诉讼请求。