股权转让纠纷一案，市政建设公司由企业投资公司和建设公司共同出资成立，注册资金20,000,000元。后企业投资公司将其对市政建设公司的30,000,000元债权转为股权出资，市政建设公司注册资金增至50,000,000元，其中企业投资公司出资48,000,000元，建设公司出资2,000,000元，分别占公司注册资本的96%和4%。律师

企业投资公司将其持有的市政建设公司48.69%、32.03%、10.24%、5.04%的股权，分别以24,345,000元、16,015,000元、5,120,000元、2,520,000元的价格转让给C、B、D、A；建设公司将其持有的市政建设公司4%的股权以2,000,000元的价格转让给A。

B与C签订《股权转让协议》，约定B将其持有的市政建设公司32.03%的股权转让给C，转让价格为16,015,000元。该《股权转让协议》经工商部门核准备案。B、C又签订《补充协议》，约定：B将其持有的市政建设公司32.03%的股权作价63，800，000元转让给C；本次股权转让为溢价转让，该价格包括B实缴资本16,015,000元及股权溢价款(税后)47,785,000元，与本次转让有关的所有税费均由C负担；C分两次付款，协议签订时首付40,000,000元，第二次支付23,800,000元，如果C未在上述期限内支付转让价款，则每延迟一日，应向B支付数额为逾期金额万分之七的违约金，逾期支付30日以上，B有权解除合同并按转让总价的百分之五收取违约金；双方向工商管理部门提交备案的《股权转让协议》仅作为工商备案之用，并不实际履行，实际履行以本《补充协议》为准。C向B转账支付首期股权转让款40,000,000元，后未再支付剩余款项。律师

C将其持有的市政建设公司51%和39.96%的股权转让给案外人高某、刘某某，转让价款分别为25,500,000元、19,980,000元。市政建设公司以120,670,700元的报价竞得重庆市万州区土地交易中心挂牌的万州区牌楼街道办事处石峰村7社205,724平方米的国有土地使用权。市政建设公司与重庆万州区国土资源局签订《国有土地使用权出让合同》，取得该块土地。

重庆市万州区人民检察院经侦查认为：市政建设公司及其直接负责的主管人员B、直接责任人员D、C在实施重庆市渝东经济技术开发区大河沟回填造地项目和购买石峰村308.586亩土地(即万州区牌楼街道办事处石峰村7社205，724平方米国有土地)过程中，为了谋取不正当利益，向时任重庆市渝东经济技术开发区管理委员会书记、主任行贿干股5,250,000元和现金20,000元，涉嫌构成单位行贿罪，决定移送审查起诉。律师

重庆市万州区人民政府同意根据万州三峡平湖公司和市政建设公司的申请以及双方签订的《国有土地使用权收回协议书》约定，收回市政建设公司位于万州区牌楼街道石峰村7组范围196,462平方米国有出让土地使用权，交由万州三峡平湖公司储备整治管理。重庆市万州区人民检察院作出撤销案件决定书，认定市政建设公司、B、D、C的行为不构成犯罪。

双方签订的《补充协议》系双方真实意思表示，也不违反法律和行政法规的强制性规定，且工商部门核准登记并不是股权转让协议生效之要件，故双方签订的《补充协议》应当认定合法有效。律师

关于C提出的B在取得涉案土地时存在违法行为导致土地被当地政府收回，相应股权溢价并不存在的抗辩意见，一是双方签订《补充协议》时，市政建设公司确实取得了涉案土地使用权，土地被当地政府收回系发生在双方签订《补充协议》之后；二是综合重庆市万州区人民政府关于收回涉案土地使用权的批复以及重庆市万州区人民检察院撤销案件决定书的内容来看，并无证据表明涉案土地被收回系因B存在违法犯罪行为所致；三是C在与B签订《补充协议》之前已经是市政建设公司的股东，并且参与了土地购置的过程，其应当知晓市政建设公司的经营情况以及涉案土地的运作情况。

对C的上述抗辩意见不予采信，C应当按照《补充协议》约定向B支付剩余股权转让款。双方在《补充协议》中明确约定了违约金责任条款，且违约金的计算标准尚属合理，鉴于C未提出调整，对B要求C按《补充协议》约定标准支付违约金的主张予以支持。律师

依照《合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零七条、《公司法》第七十二条第一款之规定，判决如下：一、C应于本判决生效之日起十日内支付B剩余股权转让款23,800,000元；二、C应于本判决生效之日起十日内偿付B逾期付款违约金。（2013）浦民二(商)初字第1661号