一、专利权是一种垄断权、独占权，专利技术公开后，专利权人依靠法律制止侵权行为，行使的是绝对权利；商业秘密权是相对权利，其禁止效力仅及于违法侵占，不及于合法的取得手段。

二、专利权人起诉他人侵犯专利权，只要证明技术内容相同，被告就要承担侵权责任，而无论被告是否自行开发。被告即使正当获得技术信息，也必须承担侵权责任；商业秘密诉讼中，被告只要证明了不存在商业秘密侵权行为，不用承担任何责任。

三、专利权的保护主要是法律手段；保守商业秘密主要依靠事实行为，即尽可能严密的保密措施和尽可能小的传播范围。法律手段对于已经公开的商业秘密没有“回收”效力，因而商业秘密一旦公开、扩散，权利人受到的损失无可挽回。

四、专利的寿命是固定的，因为法律保护期是固定的；商业秘密的寿命可能很短，如果同行业开发竞争激烈，甚至仅由于保密措施不当或被他人偶然发现，都会使商业秘密逐渐或突然失去新颖性，进入公有领域。

五、主体数量的不同。一项发明原则上只存在一项专利权；商业秘密可能存在多个权利主体，各权利人的权利是平行的。

六、保护范围不同。专利保护范围是确定的；商业秘密纠纷处理时，有关机构必须对秘密性、新颖性、实用性和价值性先行判断，只有达到标准的才予保护，商业秘密保护存在不确定性。

七、举证责任不同。在侵权诉讼中，商业秘密权人的证明责任大于专利权人，其不但要证明侵权行为的存在，还要证明商业秘密权的存在。

八、转让方式不同。专利的转让，可以公开专利文献进行；商业秘密在转让时比较困难，转让方怕谈判不成不敢将秘密和盘托出，受让方不了解内容不敢贸然接受。