商标实质审查的内容通常可分为两部分：对商标的绝对条件的审查和相对条件的审查。绝对条件的审查又称对申请注册商标自身条件的审查，它包括对申请注册商标的绝对合法性和显著性的审查；相对条件的审查又称为对商标是否与在先权利发生冲突的审查。

实质审查的内容主要包括以下三个方面：

(1)申请注册的商标所使用的文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合等构成要素是否违背商标法的禁用条款，即《商标法》第十条、第十一条的规定；

(2)申请注册的商标是否具备法定条件，就是说商标所使用的文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合等是否具有显著性；

(3)申请注册的商标是否与他人在先申请、注册的商标权利发生冲突。

第(1)项禁用条款的审查和第(2)项是否具有显著性的审查，是对商标合法性的审查，即审查申请注册商标是否违反《商标法》的禁止性规定，也称禁止商标注册的“绝对理由”的审查。申请注册的商标违反商标法规的禁用条款以及不具有显著性的，将在商标注册的实质审查阶段被驳回。第(3)项是否与他人在先权利冲突的审查，也称禁止商标注册的“相对理由”的审查。即申请注册的商标如与他人在先申请和注册的商标权利相冲突的同样将在实质审查阶段被驳回。