原告某制剂公司诉称：第一，被告其胜研究所由被告顾某某及其妻子吴某共同出资设立，被告顾某某是被告其胜研究所的绝对控股股东并任法定代表人。第二，被告顾某某长期担任原告的董事长、法定代表人、董事、总经理等高管职务，负责主持和参加原告的科研工作。第三，被告其胜研究所事实上是一家空壳公司，不具备任何从事科研的基本条件。被告顾某某设立其胜研究所的真正目的是为了将其胜研究所依附和混同于原告，利用其在原告担任高管的条件，故意将本应归于原告的科研成果混同到被告其胜研究所名下。第四，被告其胜研究所在与第三人昊海公司签订的《股权转让协议》中确认，在其持有原告股权期间所了解和持有的专利等知识产权都归属于原告所有。原告据此认为目前专利申请人为被告其胜研究所的发明名称为“一种温敏性壳聚糖衍生物--羟丁基壳聚糖的制备方法”(专利申请号：2008某3699.6)的发明专利申请权(以下简称涉案专利申请权)应当归原告所有。综上，原告认为，依据被告其胜研究所与第三人昊海公司签署的《股权转让协议》约定的相关内容，涉案专利申请权应归原告所有。

此外，原告认为，涉案专利申请权系发明人魏某某、顾某某在原告处完成的职务发明成果，同时也是原告与中国人民解放军第二军医大学附属长征医院(以下简称第二军医大学)技术合作开发的成果，应当归原告所有，且被告顾某某在原告处任职期间设立其胜研究所，违反了其与原告签订的劳动合同中约定的竞业禁止的义务。因被告其胜研究所和顾某某拒绝将涉案专利申请权变更为原告所有，侵害了原告的合法权益，故请求判令：1.确认名称为“一种温敏性壳聚糖衍生物--羟丁基壳聚糖的制备方法”的发明专利申请权(专利申请号：2008某3699.6)归原告其胜公司所有；2.被告其胜研究所和被告顾某某共同将名称为“一种温敏性壳聚糖衍生物--羟丁基壳聚糖的制备方法”(专利申请号：2008某3699.6)的发明专利申请权人变更为原告其胜公司。

被告某研究公司辩称：第一，本案争议的处理应限于我国《专利法》关于职务发明的相关规定为法律依据，不应审理我国《公司法》规定的股权转让的相关纠纷。其胜研究所与原告是两个独立的法人，不存在原告所称的混同事实。其胜研究所与第二军医大学等单位有广泛的技术合作开发关系，但与原告没有合作关系，被告顾某某任原告总经理职务只是被授权进行日常行政事务管理而非科学研究，涉案专利申请权不可能是原告所谓的职务发明成果。第二，被告其胜研究所独立开展科研工作或与他人合作开发涉案专利申请权均与原告无关。

其胜研究所从1996年开始与第二军医大学侯甲教授等进行技术合作开发，取得了6项专利成果，经协商，其中5项专利成果归属第二军医大学，其余1项专利成果即涉案专利申请权归属其胜研究所。第三，原告提出的所谓《股权转让协议》系由原告单方面起草，并通过不正当手段加盖了其胜研究所的公章，该协议文本在形式上存在没有经办人签名、没有签订日期等许多瑕疵，但其胜研究所与昊海公司就股权转让事宜的磋商确实尚未达成一致，虽然昊海公司负责人蒋伟曾经将300余万元款项汇入顾某某的个人帐户，但其胜研究所不认可这是所谓的股权转让款，因此对该协议的真实性、合法性和关联性均不予认可。综上，请求驳回原告的诉讼请求。

顾某某辩称：第一，顾某某不是涉案专利申请权人，不是适格的被告。第二，同意其胜研究所的答辩意见。第三，顾某某不主张涉案专利申请权。综上，请求驳回原告的诉讼请求。

第三人魏某某述称：魏某某于2007年7月至2009年9月期间是第二军医大学的博士后研究人员，经指导老师侯甲教授派遣，到其胜公司从事课题研究的相关实验工作。涉案专利申请权是魏某某在2007年至2009年期间博士后研究中取得的阶段性成果。研究课题由侯甲和顾某某共同确定，该研究成果在侯甲和顾某某两位导师共同指导下取得，具体实验工作中利用了其胜公司的设备、场地，使用了其胜公司的试剂等原料，其他比较重要的试剂等原料是用魏某某的博士后研究基金和第二军医大学的科研经费所购买。魏某某、顾某某和侯甲等三位发明人对涉案专利申请权均有贡献。申请涉案专利时，魏某某与侯甲商量了权利归属问题，侯甲认为为了便于专利技术成果产业化，涉案专利权归其胜公司较妥，所以专利申请人不是第二军医大学。魏某某不主张涉案专利申请权。综上，同意原告的诉讼请求。

2008年10月13日，其胜公司临时股东会经全体股东即昊海公司和其胜研究所一致通过如下决议：1.其胜研究所持有本公司313.5万元股权(占注册资本总额15%)，以相应价格转让给昊海公司；2.尽快办理股权变更登记手续。

2008年10月27日，经上海市工商行政管理局闵行分局核准，其胜公司的公司类型由有限责任公司(自然人投资或控股)变更为一人有限责任公司(法人独资)，其胜研究所持有的其胜公司的股份依据前述《股权转让协议》转让给昊海公司，昊海公司成为其胜公司的全资股东，其胜研究所不再是其胜公司的股东。

关于涉案专利申请权是否属于原告其胜公司职务发明成果的问题。《中华人民共和国专利法》第六条第一款规定“执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造”、“职务发明创造申请专利的权利属于该单位；申请被批准后，该单位为专利权人”。本案中，涉案发明专利申请权的申请日为2008年2月19日，发明人是魏某某、顾某某和侯甲。该专利成果系魏某某在侯甲和顾某某的指导下在其胜公司实验场所从事相关研究取得的技术成果。首先，关于涉案专利申请权的发明人是否系其胜公司职员的问题。从2007年7月魏某某受侯甲指派到其胜公司从事相关实验工作开始至涉案专利申请日期间，魏某某的身份是第二军医大学的博士后研究人员，其人事、工资关系均在第二军医大学。由此可见，魏某某不是其胜公司的正式职员。侯甲是第二军医大学的教授，也不是其胜公司的职员。

顾某某是其胜公司的总经理，同时系其胜研究所的负责人。综上，不能认定涉案专利申请权的发明人均为其胜公司的职员。其次，关于涉案专利申请权是否系主要利用其胜公司的物质技术条件取得的问题。魏某某在侯甲和顾某某的指导下，共同合作研究取得涉案专利成果。魏某某在其胜公司从事实验工作期间，既使用了博士后研究基金和第二军医大学的科研经费，相关动物实验在第二军医大学完成，也使用了其胜公司的实验场地、相关设备和部分试剂。综合本案查明的相关事实，不能认定涉案专利申请权系由其胜公司的工作人员执行本单位的工作任务或者系其胜公司的工作人员主要利用其胜公司的物质技术条件取得的发明成果。因此，虽然魏某某在其胜公司从事相关实验工作时使用了其胜公司的实验场地、部分设备和原料，根据我国《专利法》关于职务发明成果的相关规定，其胜公司对涉案专利申请权的取得有所贡献，但不能确认涉案专利申请权全部归原告其胜公司所有。被告其胜研究所的相关抗辩意见理由成立，予以采纳。

鉴于原告其胜公司该项请求系对第一项诉讼请求内容的执行，不必在本案中作出判决，故对原告其胜公司的该项诉讼请求不予支持。综上，依照《中华人民共和国专利法》第六条第一款和《中华人民共和国合同法》第六十条第一款之规定，判决如下：一、确认名称为“一种温敏性壳聚糖衍生物--羟丁基壳聚糖的制备方法”的发明专利(专利申请号2008某3699.6)申请权归原告某制剂公司所有；。二、对原告某制剂公司的其余诉讼请求不予支持。