典当纠纷一案，双方签订《房地产抵押借款合同》，约定由被告以其所有的128.93平方米房产作为抵押向原告借款1，000，000元，借款期限一个月，月综合费2.7%。双方还约定：借款期内及借款期限届满后5日内，经双方协商同意可以续当；被告逾期还款5天内按每日未还款总额的0.5%计算违约金，超过5天原告可通过变卖、拍卖或向申请强制执行，变卖、拍卖或诉讼期、执行期直至债务完全清偿日止的费用，按每日未还款总额的0.5%计。合同签订后，双方未办理抵押房产的抵押登记手续。律师

原告向被告签发当票，当票载明当物为房产，典当金额1，000，000元，月费率2.7%，综合费用27，000元，实付金额973，000元。原告扣除当月综合费后向被告发放了当金973，000元，另向被告收取咨询费3，000元。典当期限届满后，被告向原告申请续当。

被告与陈某签署《债务代垫款清偿协议》，约定协议签订后十日内陈某代被告归还原告借款1，000，000元，此垫付款由被告归还陈某，并按月息4%付息；陈某还款后，被告不再向原告承担任何责任。陈某向原告支付1，000，000元用以归还被告所欠之借款本金。律师

原告在向被告发放当金时，预扣了当期综合费27，000元，因相关的行政法规未对预扣综合费做出禁止性规定，故原告在交付当金时预扣综合费未违反法律、法规的强制性规定，确认借款本金仍应以1，000，000元计。现双方对被告已归还借款本金无异议，原告认为被告虽将借款本金还清，但属逾期归还，还应支付逾期还款期间的综合费及违约金。被告则辩称双方曾达成过协议，被告将借款本金还清原告即免除违约金。

《最高人民〈关于民事诉讼证据的若干规定〉》第二条明确规定：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明；没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。被告称双方曾达成过免除违约金的书面协议，但被告未能向提供该协议。被告对此解释为原告盖章后未将协议交付被告，对被告此说抵押借款合同中对被告逾期还款规定了极重的违约责任，被告其逾期还款已达半年，按合同约定应承担高额违约金。律师

若如被告所言其与原告就免除违约责任达成了协议，对于被告而言可减少巨额违约金，被告不可能不向原告索要协议文本以防原告食言。虽然王某声称其口头同意免除原告违约责任，并称存在相关协议，但王，王某亦未能向提供协议文本。且陈某向原告移交之客户资料清单中亦未记载有该协议书。

被告虽最终还清了借款本金，但其拖欠还款是不咎之事实，原告追究被告违约责任系其按合同约定应享之权利。王某因股东之间矛盾而不再担任原告总经理，王某免除被告违约金之行为，侵犯了原告的正常利益；另陈某与被告之间存在借贷利害关系，故仅凭王某、陈某二人之证词，不足以推翻被告应付违约金的事实。

关于原告的具体主张。原告要求被告支付综合费162，000元，参照相关行政法规规定及双方约定，若典当期届满五日内被告未办理赎当或续当手续，原告可在典当期届满五日后可将当物作绝当处理，而不能要求被告继续承担综合费用。故原告仅能获得共5天按月费率2.7%计算的综合费4，500元，其余综合费不予支持。原告还要求被告支付按每日0.5%标准计算的逾期付款违约金，对此认为，抵押借款合同第十六条“诉讼期、执行期至债务完全清偿止的费用按每日未还款总额的0.5%计算”的约定，其实质为逾期付款违约金。律师

典当期限届满后，被告未归还借款，也未配合原告处分抵押物，应承担违约责任。至于被告提出违约金过高，要求调低至按同期银行贷款利率上浮30%计算，典当作为我国社会主义市场经济中的一种特殊融资方式，为满足老百姓及中小企业对资金的不同需求发挥了拾遗补缺的作用。而典当企业只能以自有资金以及一定限额的银行贷款发放借款，其资金实力有限，故存在较高的资金占用成本，较快回笼资金是其经营所必需。

典当行在借款合同中设定较高的违约金，其目的是为快速回笼资金，增强抵御风险能力。在允许其获取较高收益的同时，违约金的标准应当略高于正常履行合同的费用为宜。故将逾期付款违约金计算标准调整为按每日0.1%计。律师

依照《合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款、第二款的规定，判决如下：被告于本判决生效之日起十日内支付原告综合费4，500元、逾期付款违约金157，000元。