运输合同纠纷一案，南京货运公司作为乙方(承运人)与物流集团公司作为甲方(托运人)签订《货物运输服务合同》一份，约定乙方接受甲方委托为甲方提供国内运输服务；甲方同意按照本合同附件中的价格向乙方支付服务费用；乙方应于每月5日前将上月运输费用的结算清单交甲方相关人员审核，审核无异议后，乙方向甲方开具正规的运输服务发票，甲方在收到发票后的60个工作日内将相应款项支付给乙方；合同履行过程中产生的乙方对甲方的任何赔偿责任，甲方有权从乙方的运费中做相应的扣除，乙方未向甲方赔偿完毕前，甲方不予结算运费。律师

南京货运公司诉称，物流集团公司共计拖欠南京货运公司运费481,544元，在收到南京货运公司向其出具的发票后经多次催讨仍然拒付。

上述合同签订后，南京货运公司依约为物流集团公司运输货物。南京货运公司提供了货物运输业增值税发票抵扣联，合计金额为481,544元，物流集团公司对拖欠南京货运公司运费481,544元尚未支付的事实予以确认。律师

案外人Z超为骗取财物，经他人伪造了姓名为“李成伟”的机动车驾驶证、行驶证、道路运输证等，冒充“李成伟”以受南京货运公司委托运货为名，驾驶一辆悬挂假牌号货车至联想(北京)有限公司仓库内，骗得物流集团公司欲运往江苏省南京市的联想电脑若干后销赃给他人。刑事判决书判决Z超犯诈骗罪，判处有期徒刑及罚金20,000元，并责令退赔尚未追缴的犯罪所得。律师

运输合同关系成立并有效，当事人均应恪守。就合作期间积欠的运费数额均确认一致。争点主要在于刑事犯罪所致物流集团公司的经济损失是否应当由南京货运公司承担。

根据合同约定，南京货运公司作为承运人在货物运输过程中发生破损灭失等应当承担赔偿责任。但该项约定调整的应当仅是双方作为平等商事主体间的民事合同关系，而本案物流集团公司抗辩之损失从浦东法院刑事判决书查明的犯罪事实来看，系由Z超个人的诈骗犯罪行为所致。物流集团公司并未能提供证据证明南京货运公司与该起犯罪行为有涉，或者南京货运公司对造成物流集团公司经济损失有过失，故物流集团公司抗辩不同意支付运费的理由不成立。对南京货运公司要求物流集团公司支付运费的诉讼请求予以支持。律师

依照《合同法》第一百零七条、第一百零九条之规定，判决如下：一、物流集团公司于十日内向南京货运公司支付运费481,544元；二、物流集团公司十日内向南京货运公司支付以481,544元为基数，按照中国人民银行同期贷款基准利率计算的利息。上海律师